Kỹ thuật ứng dụng là một môn khoa học được thành lập dựa trên các khoa học sinh học theo cái cách mà kỹ thuật hóa học, kỹ thuật điện tử và kỹ thuật cơ khí[7] được tạo ra lần lượt từ hóa học, điện học và từ học và cơ khí cổ điển.[8]

Trước Chiến tranh thế giới thứ hai, kỹ thuật sinh học đã bắt đầu được công nhân là một nhánh của kỹ thuật. Thời đó, nó là một khái niệm rất mới đối với mọi người. Sau chiến tranh, lĩnh vực này phát triển nhanh chóng, một phần là bởi thuật ngữ "kỹ thuật sinh học" đã được tạo ra bởi Heinz Wolff vào năm 1954 tại Học viện Quốc gia về Nghiên cứu Y khoa. Wolff đã tốt nghiệp cùng năm đó và trở thành giám đốc của lĩnh vực về kỹ thuật y khoa tại đại học. Đó là lần đầu tiên kỹ thuật sinh học được công nhận như là một nhánh của học đại học. Kỹ thuật điện tử được xét là mở được cho kỹ thuật sinh học bởi vì công việc của kỹ thuật điện tử với các thiết bị y khoa và máy móc trong khoảng thời gian trên.[9] Khi các kỹ sư và các nhà khoa học về sự sống bắt đầu làm việc với nhau, họ công nhận vấn đề rằng các kỹ sư không biết đầy đủ sinh học thực sự đằng sau công việc của họ. Để giải quyết vấn đề này, các kỹ sư những người muốn tham gia vào các vấn đề kỹ thuật sinh học cống hiến nhiều hơn thời gian và sự nghiên cứu để tìm ra các chi tiết và quá trình để đi vào các lĩnh vực như sinh học, tâm lý học và dược phẩm.[10] Thuật ngữ "kỹ thuật sinh học" có thể được ứng dụng vào việc bảo vệ môi trường như là bảo vệ độ màu mỡ của đất đai, sự ổn định hóa dốc, lòng nước chảy ngầm và bảo vệ bờ, chắn gió, các rào chắn cây cối; bao gồm có thể được ứng dụng rộng rãi hơn vào kỹ thuật nông nghiệp.

Chương trình kỹ thuật sinh học đầu tiên được thiết kế bởi Đại học California, San Diego vào năm 1966 và nó trở thành chương trình giảng dạy đầu tiên tại nước Mỹ.[11] Những chương trình gần đây đã được xúc tiến bởi MIT[12] và Đại học Bang Utah[13]. Nhiều cục kỹ thuật nông nghiệp lâu đời trong các trường đại học trên thế giới đã tự dán nhãn mình là các kỹ sư nông nghiệp và sinh học hay các kỹ sư nông nghiệp và hệ thống sinh học bởi vì về tổng thể kỹ thuật sinh học phát triển như một lĩnh vực riêng với sự phân loại hay thay đổi. Theo như giáo sư Doug Lauffenburger tại MIT,[12][14] kỹ thuật sinh học đã có nền tảng rộng lớn ứng dụng nguyên lý kỹ thuật cho một khoảng khổng lồ về kích thước và sự phức tạp của các hệ thống. Những hệ thống này mở rộng từ cấp phân tử (bao gồm các thiết bị và các phần tử nhạy) đến các phần vĩ mô như động vật và thực vật và có thể mở rộng đến các hệ thống môi trường.